次生物質含量不一樣。

次生物質指生物體內合成的，含量非常低以至於現代儀器還無法檢測的各種化合物 。自然條件下，生物為抵禦各種外來生存壓力會代謝生成各種次生物質。大棚養殖的蔬菜水果家禽等由於面臨生存壓力低，會不含或少含各種次生物種。人類在進化過程中早已與野生型食物來源形成協同進化，換句話說人體需要從自然界獲取各種次生物質。

主要原因有兩個，一個是成本，一個是需求。

由於品種和養殖方式等不同，普通蛋雞和柴雞的產蛋效能差異較大，商品蛋雞年產蛋量可以在290枚以上，而柴雞蛋達到150枚就已經是少數，有些可能就百餘枚，更不用說育成期的成本差異了。而且，養殖柴雞的大多規模比較小，而目前商品蛋雞養殖的規模化程度已經比較高，管理精細，養殖水平也都比較高，規模優勢明顯。3元一斤的普通雞蛋可能還有賺，3元一斤的柴雞蛋肯定是嚴重虧損。

另一個原因，需求。雖然有不少專家表示，普通雞蛋和柴雞蛋在營養成分和營養價值上並無明顯差異，央視也曾經報道過，但對不少消費者而言，還是認為柴雞蛋的營養價值更高，定價高一點也是合理的，可以接受的。而且，柴雞蛋產量相對較少，物以稀為貴，定價高一點，也是很正常的。