首先現在大部分工程都是經過招投標的，很多地方都實行統一工程量清單招標(是合同重要的一部分)。而編制一個工程的招投標清單甲方基本都是委託第三方進行列項算量，投標單位根據招標清單用造價軟體生成各子目的綜合單價(包括工料機、規費、利潤管理費、稅金等等)，一旦中標，在招投標清單中的綜合單價不再做任何調整，作為工程結算的依據，而工程量按實結算。如果在工程過程中出現招標範圍外的專案，有類似的可套用招投標清單中類似專案，沒有就協商或簽證，其實這些條款中都會寫在合同內。

那麼你說的工程造價虛高問題，從我理解出發大致分幾種情況:1.甲乙雙方存在利益關係(當然包括審計)，把很多不存在的東西變相用簽證形式結算；2.乙方老闆授權造價人員故意抬高造價(工程量拋高是最直接有效的，但作為一個合格的造價員一般都會優先考慮那些隱蔽工程，特別是機電管線等)，讓審計和甲方去砍，當然乙方老闆會有行動。其實還有很多，比如設計材料或品牌的變更(當然需要搞好關係)，竣工圖編制也非常重要。

總結:套用司馬遷的一句話“天下熙熙，皆為利來，天下攘攘，皆為利往”。