遠離高低溫，並且不能在過酸過鹼的狀態下。

1、高溫。由於脂肪酶本質是蛋白質，一般脂肪酶的活性範圍都是在80℃以下，一旦脂肪酶被加熱，知道100℃，甚至超過100℃，脂肪酶的結構會遭到不可恢復的破壞，脂肪酶的催化活性會完全失去，這樣即使回覆正常溫度，脂肪酶也將不會有催化作用；

　　2、低溫。低溫和高溫的作用原理是不同的，高溫會破壞脂肪酶的活性，使脂肪酶不能再回復活性，低溫一般都是隻能抑制脂肪酶的活性，並不破壞脂肪酶的分子結構，當恢復正常溫度之後，脂肪酶的活性又會恢復，因此工業上一般不會用這種發法使其失活，而是用這種方法來儲存脂肪酶；

　　3、過酸或過鹼。脂肪酶處於過酸或過鹼的環境中也會破壞脂肪酶的分子排列結構，徹底破壞脂肪酶的活性，使脂肪酶不能恢復，但是由於其安全和生產需要，一般工業生產中不會使用這一方法；

　　4、脂肪酶抑制劑。脂肪酶抑制劑是一種專門的化學制劑，該化學制劑可以和脂肪酶分子活性部位結合生成另一種物質，從而使脂肪酶失去活性，但是一般生產中加入過多其他化學試劑可能對產品本身質量有影響，因此生產中很少利用這一方法。