如果某個基因的功能還沒有註釋,但我們卻想知道。我認為有如下方法:
1、去多網站確認該基因確實沒有相應註釋,比如NCBI、UniProt、ExPASy、EBI、BIGD等網站,其中,NCBI為美國網站,是做分子的人熟知的網站;
UniProt、ExPASy、EBI三個是歐洲網站,資訊也是很全面;
BIGD是中國北京基因組所建立的網站。
如果這些網站也查不到,那就是沒有註釋了。
2、查閱文獻,透過NCBI的PubMed搜尋關鍵詞,檢視是否有文獻研究該基因功能,而網站沒有更新。
3、如1/2兩種方法都找不到,那就只好透過同源基因功能的方法推測了。可以透過查詢與要研究基因物種同源關係近的模式植物,如擬南芥、水稻、玉米等,相應基因的功能註釋,進行推測。
如擬南芥的專業網站——Tair,該網站只註釋擬南芥的資訊,且資訊十分全面。
玉米的專業網站——maizeGDB, 該網站只註釋玉米的資訊,且資訊十分全面。
如果某個基因的功能還沒有註釋,但我們卻想知道。我認為有如下方法:
1、去多網站確認該基因確實沒有相應註釋,比如NCBI、UniProt、ExPASy、EBI、BIGD等網站,其中,NCBI為美國網站,是做分子的人熟知的網站;
UniProt、ExPASy、EBI三個是歐洲網站,資訊也是很全面;
BIGD是中國北京基因組所建立的網站。
如果這些網站也查不到,那就是沒有註釋了。
2、查閱文獻,透過NCBI的PubMed搜尋關鍵詞,檢視是否有文獻研究該基因功能,而網站沒有更新。
3、如1/2兩種方法都找不到,那就只好透過同源基因功能的方法推測了。可以透過查詢與要研究基因物種同源關係近的模式植物,如擬南芥、水稻、玉米等,相應基因的功能註釋,進行推測。
如擬南芥的專業網站——Tair,該網站只註釋擬南芥的資訊,且資訊十分全面。
玉米的專業網站——maizeGDB, 該網站只註釋玉米的資訊,且資訊十分全面。