核磁共振能檢查神經系統的病變，包括腫瘤，梗塞，出血，變性，先天畸形，感染等內容，幾乎成為確診的手段。特別是脊髓脊椎的病變如脊椎的腫瘤，萎縮，變性，外傷椎間盤病變等是首選的檢查方法。

核磁共振還能檢查心臟大血管的病變；肺內縱膈的病變。腹部盆腔臟器的檢查；膽道系統，泌尿系統等疾病，疾病的診斷明顯優於CT。對關節軟組織病變；對骨髓，骨的無菌性壞死十分敏感，病變的發現早於X線和CT。

磁共振應用的範圍很廣，對顱腦、脊髓等疾病是當今最有效的影像診斷方法。可早期發現腫瘤、腦梗塞、腦出血、腦膿腫、腦囊蟲症及先天性腦血管畸形，還可確定腦積水的種類及原因。磁共振在顯示脊髓先天異常、脊髓空洞症及硬化症、推管瘢痕等均有獨到之處。

磁共振成像在顯示間盤脫出、退行性病變等也是非常清晰，間盤脫出壓迫神經根也可顯示得一清二楚。磁共振可勾劃輪廓清晰的心臟各房、室間隔，心瓣膜及心肌的影象。因此，先天性心臟病及各種心肌病均是磁共振檢查的適應性。

磁共振也可用於檢查子宮、卵巢、膀胱及前列腺的腫瘤，並可對癌腫進行分期，對肝臟、胰腺等的腫瘤也可清楚的顯示出來。