主要區別是，性質不同、評分標準不同、服務水平不同，具體如下：

一、性質不同

1、三級醫院

三級醫院，即三級乙等醫院，相當於地區性醫院。醫院的等級劃分是根據醫院的規模（大小，人員配備，硬體設施，科研能力）來分的。分一級、二級、三級三個等級。每個等級又有甲、乙、丙三等。現實中三級乙等醫院是僅次於三級甲等醫院的優質大醫院。

2、三甲醫院

三級甲等醫院（簡稱三甲醫院）是依照中國現行《醫院分級管理辦法》等的規定劃分的醫療機構級別 ，是中國內地對醫院實行“三級六等”的劃分等級中的最高級別。

二、評分標準不同

1、三級醫院

醫院等級評定，實行1000分制，750分－900分評為三級乙等。

2、三甲醫院

按分等評分標準獲得超過900分。

三、服務水平不同

1、三級醫院

提供地區僅次於三級甲等的醫療衛生服務。

2、三甲醫院

提供地區最高水平的醫療衛生服務。