指透過肛門引液體灌洗直腸的操作。有治療疾病（例如便秘）、另類保健療法的用途。

作為區域性瀉藥。在灌腸後病人隨液體排出糞便，可用來治療便秘和糞便嵌塞（fecal impaction）。今天在很大程度上被口服、栓劑形式的瀉藥代替。瀉藥灌腸一般使用水（機械作用）、磷酸鈉溶液（因從血液裡吸水到直腸，比水更有效）或者礦物油（潤滑、軟化糞便作用）。 過去還有人使用肥皂水，但因容易導致結腸炎不再流行。

手術、檢查（如結腸鏡）之前用來清理腸道，一般用磷酸鈉。

透過腸道向血管內給藥。例如在病人嚴重噁心，口服止嘔藥困難的情況下。也可用來補充體液（參見給藥途徑）。

透過肛門區域性給藥。例如用可的松類藥物灌腸治療炎症性腸病（inflammatory bowel disease），以減少對身體其他部分的副作用。

有時全身麻醉也可透過灌腸給藥。

腸道造影之前用硫酸鋇等顯影劑灌腸。

直到20世紀，有些地方（例如美國）灌腸是很常見的程式，被用來治療發燒。另外產婦臨盆之前用其引發分娩並防止分娩過程中的糞便感染，不過現在因為優點不明顯而且不舒服已不常用。