東皇太一死於封神之前的巫妖之戰,也就是妖族和巫族爭地盤,死於12祖巫之手.

巫妖大戰中，東皇太一受了重傷，被女媧救下，但其生機已絕，不久便死去，妖族大任便落入第十子手中

十二巫祖中的后土化為六道，其中有天地最高法則天道。東皇太一佈下都天神煞大陣，與十二巫祖中的十一位同歸於盡

巫妖大戰時期 ，妖族有周天星斗大陣， 用河圖洛書做陣眼 ，對抗巫族的十二都天神煞大陣 ，12祖巫都有準聖修為 ，不過太一和帝俊用鯤鵬都是當時的佼佼者，二族不分勝負 ，後共工身隕， 后土化身六道， 巫族敗亡之際， 鯤鵬攜河圖洛書逃遁 ，周天星斗大陣破滅， 帝俊大怒自爆身軀， 蓐收、句芒以及靠得比較近得奢比屍均覆滅 ，太一悲憤不堪擊殺了玄冥 ，燭九陰和龠茲自爆軀體終於把太一弄的身受重傷 ，太一大喝道：天地不仁，以萬物為芻狗，聖人不仁，以生靈為螻蟻。這便是天道？既然天道要滅妖族，那今天我是拼死一戰。”言罷化身三足金烏催動東皇鍾自爆元神。太一身隕陪同的還有剩下的祖巫一起隕落。幾千載過後當年的大神通者也不過留下了朝升幕降的軀體