劉琦於建安十四年（公元209年）因病去世。《三國志》、《後漢書》、《資治通鑑》等均無其後代記載。

猜測子女或在戰亂中失蹤，或與劉備麾下官員聯姻。之後呂蒙白衣渡江奪取荊州，荊州各郡縣悉數歸降東吳。也不排除劉琦後人一同歸降的可能。

劉琦的兄弟劉琮、劉修歸降曹操勢力。劉琮後來官至青州刺史、諫議大夫。劉修官至東安太守。

劉琦是劉表兩個兒子之一，劉琦是長子，劉表對這個兒子不怎麼待見，但死後依舊把荊州的地盤交給劉琦，劉琦才是正統的繼承者。劉備兵敗逃亡江夏，他的身份很尷尬，既沒有兵，也沒有地盤，要依附劉琦生存。而劉琦當時的手腕壓根控制不了劉備，劉備也不甘於人下，這就出現了一個很大的矛盾，誰才是主人？誰說了算？如果是劉琦，劉備能服他嗎？劉備想在荊州當家作主，只能讓劉琦合理的死去，他才能得到荊州。後世人懷疑劉琦的死是一個陰謀，也是有一定的道理的。但由於劉琦英年早逝，沒有記載留下後代，而且正史裡也沒有他酒色過度的記錄。所以，劉琦仁孝聰明，卻慧極必傷，最後應該是病死的。