一、軟體的研發開發區別：mapgis是由中國地質大學開發的通用工具型地理資訊系統軟體，而arcgis是由美國ESRI公司美國環境系統研究所，該軟體於世界應用極廣。

二、成本區別：mapgis軟體的採購成本比arcgis的低。其次，第一期的專案採用的庫檔案，mapgis的對照關係有記錄，因此可以直接採用，而arcgis第一期的專案採用的庫檔案必須重新更改，因此其成本也大大上升。

三、製圖功能上的區別：mapgis軟體採用的是CMYK印刷色格式，其出色效果相對真實，於地質領域上顯示成色更好。而arcgis軟體則採用的是RGB的成色格式，在製圖過程中存在一定的色差。

四、資料庫系統的區別：mapgis軟體的資料庫格式沒有一個統一的規範，欄位沒有規定一定的位元組，因此在轉化至arcgis軟體格式時經常會出現錯誤，其修改和檢查十分繁瑣。而從arcgis軟體資料庫轉化至mapgis軟體中均不會出現錯誤。

五、拓展性和適用範圍的區別：mapgis軟體的三維、開發等能力有限，其軟體的分析功能無法與arcgis軟體對比，而arcgis軟體的專業程度又遠遠高於mapgis。因此arcgis軟體於全球均適用，而mapgis軟體多應用於國內。