沙丁魚營養價值豐富，但是部分人群不宜食用。

痛風患者

因為魚類含有嘌呤類物質，而痛風則是由於人體內的嘌呤代謝發生紊亂而引起的。

出血性疾病患者

如血小板減少、血友病、維生素K缺乏等出血性疾病患者要少吃或不吃魚，因為魚肉中所含的二十碳五烯酸（EPA），可抑制血小板凝集，從而加重出血性疾病患者的出血症狀。

肝硬化患者

肝硬化時機體難以產生凝血因子，加之血小板偏低，輕易引起出血，如果再食用富含20碳5烯酸的沙丁魚、青魚、金魚等，會使病情急劇惡化，猶如雪上加霜。

結核患者

服用異煙肼時如果食用某些魚類容易發生過敏反應，輕者噁心、頭痛、面板潮紅、眼結膜充血等，重者會出現心悸、口唇及面部麻脹、皮疹、腹瀉、腹痛、呼吸困難、血壓升高，甚至發生高血壓危象和腦出血等。

對海鮮過敏者不宜食用

部分過敏體質者對沙丁魚過敏，使用後易出現發熱、面板瘙癢、嘔吐或者腹瀉的症狀，為避免過敏，過敏體質者慎吃。