簡單地說：大腸桿菌全稱大腸埃希氏桿菌，主要寄居於大腸。大腸菌群是一群居於大腸的各種不同的細菌的總稱，前者屬於後者的一種。　　兩者區別：　　

①大腸菌群系指一群能發酵乳糖、產酸產氣、需氧和兼性厭氧的革蘭氏陰性無芽孢桿菌。 大腸菌群不是細菌學上的分類命名，而是根據衛生學方面的要求，提出的與糞便汙染有關的細菌，即作為食品、水體等是否受過人畜糞便汙染的指示菌，這些細菌在生化及血清學方面並非完全一致。根據進一步的生化試驗，可將這群細菌再分為大腸艾希氏菌（俗稱大腸桿菌）、弗氏檸檬酸桿菌、肺炎克雷伯氏菌和陰溝腸桿菌等。 　　

②大腸桿菌（也稱大腸埃希氏菌），分類於腸桿菌科，歸屬於埃希氏菌屬。 大腸桿菌指革蘭氏陰性無芽孢桿菌、乳糖發酵產酸產氣、IMViC試驗（靛基質、MR、V-P、檸檬酸鹽試驗）為+ + - -或- + - -的細菌。 與人類有關的大腸桿菌統稱為致瀉性大腸桿菌，包括五種：腸毒素性大腸桿菌（ETEC）、致病性大腸桿菌（EPEC）、出血性大腸桿菌（EHEC）、侵襲性大腸桿菌（EIEC）、黏附性大腸桿菌（EAEC）。