一是功能不同。中央儲備糧實際上屬於中央政府的戰略儲備，規模相對穩定，主要是為了應對不時之需。託市臨儲糧是國家近幾年實施最低保護價格收購政策形成的糧食。

二是執行體制不同。中央儲備糧由中儲糧負責經營管理，責權利高度統一，且90%儲存在全國的346箇中儲糧直屬庫，少部分代儲於地方。託市臨儲糧，則採取委託收儲體制，委託庫點由中儲糧分公司、省級糧食行政部門、農發行省級分行“共同定點、共同驗收、共同監管、共同落實好政策”。業內人士表示，“中儲糧只是受國家委託，作為合同的甲方與地方企業簽署了委託收購和儲存合同。75%以上的託市臨儲糧儲存在全國1.3萬個地方糧食企業手中，是中儲糧直屬庫的幾十倍”。

三是運轉機制不同。按照《中央儲備糧管理條例》等規定，中儲糧每年負責對20%-30%的中央儲備糧進行輪換，完全按市場化操作，費用由中央財政對中儲糧總公司按規定標準進行包乾，企業自主經營、自負盈虧。而按照國家最低收購價、臨時收儲預案規定，託市、臨儲糧收購由國家定價，銷售由國家有關部門明確拍賣時間和組織拍賣，盈虧由財政統負。