《辛丑條約》規定，中國從海關銀等關稅中拿出4億5千萬兩白銀賠償各國，並以各國貨幣匯率結算，按4%的年息，分39年還清，這筆錢史稱“庚子賠款”。

庚子賠款之款項白銀四點五億兩，是以當時華人口4.5億定的，這是非常具有侮辱性的一個數字，意即每個華人賠款1兩。庚子賠款以關稅﹑常關稅和鹽稅作抵押，通商口岸的常關也歸海關管理。這項鉅額賠款使中國社會經濟進一步半殖民地化。

庚子賠款中，拿走最多賠款的是當時的俄國，其賠款款項用於建設旅順到哈爾濱的”中東鐵路”，1917年蘇聯成立後，當時中國沒有賠付的餘款被蘇聯放棄，但其實放棄和退回的加起來也不過原賠付款項的百分之二十。

在庚子賠款條約簽訂完後，中國駐美大使梁城想方設法，幾度奔波使得美國方面認識到這個賠款數額巨大，使用起來也是個問題。後來到了1908年，他們為了傳播美國教育和思想，決定拿出一半的賠款來交給中國，資助中國的教育事業。

美華人的初衷是在清領域建立美式教育學校，用美式教育洗腦華人，讓他們從精神上跟隨著美國。後來又走了公派留學，其中的費用就是庚子賠款的錢，很多著名的文學家科學家都在其中。庚子賠款建立的第一所高校就是清華大學。