第一，宗教派別不同。

巴勒斯坦民族解放運動簡稱法塔赫，由巴勒斯坦比較溫和的世俗派穆斯林組成，主要的目的就是要巴勒斯坦解放，建國。為此，可以跟以色列妥協，甚至可以不惜代價，主張和平方式處理問題。而哈馬斯全稱巴勒斯坦伊斯蘭抵抗運動，由巴勒斯坦國內激進的穆斯林組成，也是尋求巴勒斯坦的獨立，但是比較極端。

第二，目的差異。

法塔赫希望建立像沙特等國一樣的世俗化穆斯林國家，實現民族的發展。而哈馬斯則希望建立伊朗一樣的政教合一的政權，因此獲得伊朗的支援。

第三，手段不一樣。

法塔赫主張只要建國，手段儘量談判和平解決，可以和以色列和平相處。但是哈馬斯堅決主張暴力，主張用軍事手段將以色列人趕下海，恢復巴勒斯坦全境。主張堅決的軍事鬥爭，不妥協，不談判，以血還血，這也是哈馬斯經常向以色列發射火箭彈的原因。

所以我們可以看到，巴勒斯坦的兩派分裂，其實也是中東大國的作祟。法塔赫顯然得到了沙特等國家的支援，而哈馬斯背後是伊朗，其實說白了還是大國的角力，自己是沒有決定未來的能力的。