藥師經有五個譯本：1、東晉帛屍梨密多羅（317-322）所譯《佛說灌頂拔除過罪生死得度經》，為《大灌頂神咒經》之第十二卷，此本也被稱為《藥師琉璃光經》或俗稱的《灌頂經》。2.、南北朝劉宋孝武帝大明元年（457），慧簡於秣陵鹿野寺譯《藥師琉璃光經》，已佚。3、隋煬帝大業十一年（ 615）時，於東都洛水南上林園翻經館，由達摩笈多(即法行)重譯之《佛說藥師如來本願經》。4、唐永徽元年（650），玄奘於長安大慈恩寺所譯之《藥師琉璃光如來本願功德經》。5、唐中宗神龍三年（707）義淨於佛光寺所譯之《藥師琉璃光七佛本願功德經》。

五版本中較流行的是玄奘法師的譯本，但玄奘譯本中只翻譯了藥師琉璃光如來的那部分，沒有譯到其他六佛本願功德。簡潔而較易流佈普及，從這方面來講有積極作用。

佛告阿難陀：此經名為《七佛如來應正等覺本願功德殊勝莊嚴》，亦名《曼殊室利所問》，亦名《藥師琉璃光如來本願功德》，亦名《執金剛菩薩發願要期》，亦名《淨除一切業障》，亦名《所有願求皆得圓滿》，亦名《十二大將發願護持》，如是名字，汝當奉持。