麴酒和窖酒發酵菌種不同、分類不同。

1、發酵菌種不同： 麴酒是利用穀物發芽時產生的酶將原料本身糖化成糖份，再用酵母菌將糖份轉變成酒精。 窖酒的生成，窖酒生產是自然條件下的生物酶制過程，是益生菌類代謝平衡與釀酒工藝的完美結合，是糧食經發酵轉化成的飲料食品，老窖發酵”和“陳釀貯存”是窖酒最重要的工藝環節。

2、分類不同 麴酒分為三種，大麴酒、小曲酒和麩曲酒。 大麴酒，以大麴為糖化發酵劑，大麴的原料主要是小麥、大麥，加上一定數量的豌豆。一般是固態發酵，大麴酒所釀的酒質量較好，多數名優酒均以大麴釀成。 小曲酒，是以稻米為原料製成的，多采用半固態發酵，南方的白酒多是小曲酒。 麩曲酒，以純培養的麴黴菌及純培養的酒母作為糖化、發酵劑，發酵時間較短，由於生產成本較低，為多數酒廠為採用，此種類型的酒產量最大。以大眾為消費物件。 窖酒分為兩種，合成窖酒、調和窖酒。 合成窖酒，是酒精、香精和水的合成液體。 調和窖酒，是釀造基酒、酒精、香精和水的混合液體。曲酶轉化蒸餾白酒，是經發酵、蒸餾釀造工藝凝成的酒液。