《金匱要略》全書共分三卷二十五篇。其《臟腑經絡先後病脈證第一》是全書的總論。全書最後三篇，因疑為宋人所附，所載方治又多見於後世方書，所以在一般《金匱要略》版本中不載入。《金匱要略》除最後三篇外，其餘前二十二篇，共記載痙病、溼痺、百合病、陰陽寺、瘧疾、中風、歷節、血痺、虛勞、肺痿、肺癰、肺脹、胸痺、心痛、短氣、奔豚氣病等四十餘種疾病。全書共載攻方二○五首，其中四首隻存方名而無藥味。對於疾病的治療，除記有方藥治療外，還載有針灸治法、飲食調養及病後護理。在方藥的使用上又有內外用藥之分，如內服藥：湯、丸、散、灑；外用藥：燻、坐、洗、敷等，並強調藥物的炮製、配伍、煎、服等方法。由於人的體質不同及病機上的差異，張仲景在《金匱要略》中對方劑的運用提出了同是一種疾病，但治療方法應有所不同的“同病異治”和“異病同治”的原則。其所載方劑，在治法上大致可概括為午、吐、下、和、溫、清、消、補等八種方法，同時以辨證施治為原則，症變治亦變，隨症用藥。

《金匱要略》除最後三篇外，其餘前二十二篇，共記載痙病、溼痺、百合病、陰陽寺、瘧疾、中風、歷節、血痺、虛勞、肺痿、肺癰、肺脹、胸痺、心痛、短氣、奔豚氣病等四十餘種疾病。