糖蛋白分為三類

1、可溶性糖蛋白，存在於細胞內液、各種體液及腔道腺體分泌的粘液中。血漿蛋白除白蛋白外皆為糖蛋白。可溶性糖蛋白包括酶（如核酸酶類、蛋白酶類、糖苷酶類）、肽類激素（如絨毛膜促性腺激素、促黃體激素、促甲狀腺素、促紅細胞生成素）、抗體、補體、以及某些生長因子、干擾素、抑素、凝集素及毒素等。

2、膜結合糖蛋白，其肽鏈由疏水肽段及親水肽段組成。疏水肽段可為一至數個，並透過疏水相互作用嵌入膜脂雙層中。親水肽段暴露於膜外。糖鏈連線在親水肽段並有嚴格的方向性。在質膜表面糖鏈一律朝外；在細胞內膜一般朝腔面。膜結合糖蛋白包括酶、受體、凝集素及運載蛋白等。此類糖蛋白常參與細胞識別，並可作為特定細胞或細胞在特定階段的表面標誌或表面抗原。

3、結構糖蛋白，為細胞外基質中的不溶性大分子糖蛋白，如膠原及各種非膠原糖蛋白(纖粘連蛋白、層粘連蛋白等)。它們的功能不僅僅是作為細胞外基質的結構成分起支援、連線及緩衝作用，更重要的是參與細胞的識別、粘著及遷移，並調控細胞的增殖及分化。