胃部間質瘤需要手術治療。可行區域性切除或行楔形切除，切除邊緣距腫瘤邊緣應超過2釐米以上。胃間質瘤高危患者術後復發轉移率比較高，可達55%-90%，因此80%在術後1-2年內有3/4區域性復發。所以，病人要定期進行電子胃鏡的檢測，另外還有藥物治療。對於復發合併轉移的胃間質瘤的病人，可以採用伊馬替尼作為選擇性的藥物治療。

胃間質瘤的治療包括切除與藥物治療。切除包括外科手術切除和消化內鏡科下切除。

既往，外科手術是胃間質瘤的主要治療方式，透過包括瘤體的部分胃切除，術後根據病理情況，必要時配合藥物治療等。

外科治療主要針對直徑大於2cm，尤其是影像學檢查考慮有惡性風險者。對於直徑小於2cm，沒有惡性風險表現者，一般選擇定期複查追蹤。

隨著消化內鏡診療技術的不斷進步，以及人民對於腸胃健康的重視，越來越多的胃間質瘤在無症狀期被發現，其中大部分為直徑小於2cm的微小間質瘤。

超聲胃鏡技術的發展能顯示間質瘤在胃壁的詳細情況，尤其是細小瘤體也能清晰顯示，能給治療方案的制定提供依據。

近年來，內鏡下切除由於其超微創優勢正越來越多地被應用於沒有惡性徵象胃間質瘤的治療，尤其是微小瘤體的切除，並已取得了良好的近期治療效果。