第一季：骷髏軍吳大師訓練了4位擅長Phantom旋轉術的Phantom忍者，他們正在尋找4件威力無比的黃金武器，以維護世界和平。魔王加滿都和他的骷髏軍團緊隨其後，企圖奪走武器並統治世界。勇敢的Phantom忍者們踏上征途，一路戰鬥，但最終魔王加滿都利用4件黃金武器離開了Phantom忍者王國。第二季：蛇怪隨著加滿都魔王和他的骷髏軍被四位Phantom忍者打敗，Phantom忍者王國再次恢復了平靜。但隨後，加滿都的兒子勞埃德將邪惡的古代巨蟒部落從地下放了出來，使世界再次陷入黑暗中，只有一位傳奇的綠色忍者才有力量打敗邪惡的蛇怪，拯救世界——他究竟是誰呢？Phantom忍者們在吳大師的指導下，突破內心的障礙，釋放出最大潛力。同時，他們發現勞埃德就是綠色忍者，他擔負著擊敗魔王的重任。在這時，派梭釋放了大吞噬魔（又叫“吞噬者”），命運賞賜號被毀，忍者們無法對抗大吞噬者，加滿都用4件黃金武器把大吞噬者消滅掉了；但他和蛇怪們逃逸了。加滿都魔王用四件黃金武器合成終極黃金武器，將賞賜號重新拼合，據為己有。但依舊屢次失敗，後來終極黃金武器被毀滅