1、作用物件不同

“特別301條款”是要求外國政府對美國的智慧財產權提供有效保護，防止侵犯行為的發生，該條款的作用物件是改善外國的智慧財產權體制。337調查是在美國進口與過境貿易中，對侵犯美國智慧財產權的私人廠商及其產品實施制裁，是直接針對外國生產商的制裁措施，以此阻止侵犯美國智慧財產權的產品進入美國市場。

2、判斷依據不同

“特別301條款”要求美國貿易代表提交一份報告確認有下列行為的國家（1）對智慧財產權不進行公平和有效的保護，或（2）對依賴智慧財產權保護的美華人不給予公平和恰當的市場準入。這類國家被列入“重點觀察國家”名單。337調查則只需要證明進口產品的侵權事實和美國存在或在建相關產業即可。

3、實現途徑不同

“特別301條款”主要由政府透過國家間的雙邊或多邊談判磋商來進行，以協議、條約和公約的形式推動其他國家的智慧財產權體制的改善。337調查則由ITC啟動訴訟程式來阻止外同生產商對美國智慧財產權的侵害，這彌補了國內司法管轄的不足。