1、科屬不同

紅衫魚是動物界、脊索動物門 、脊椎動物亞門、 硬骨魚綱 、金線魚科、金線魚屬魚類；而金絲魚是動物界 、脊索動物門、脊椎動物亞門、硬骨魚綱、鯉科、唐魚屬魚類。

2、外形不同

紅衫魚身體長而側扁，背緣和腹緣比較粗壯，鈍圓。一般體長有19-31釐米，體重100-500克，眼睛比較大，嘴唇也比較厚，吻鈍而尖，嘴巴稍微傾斜，頭的前面沒有鱗，前腮蓋骨處被三行斜排的鱗片，胸鰭尖而長，體側有二條淺藍色縱帶和5-6條淡黃色縱帶，背鰭紅色，有黃色邊緣，臀鰭白色，中間有一黃色條紋，尾鰭紅色，上葉尖部黃色；而金絲魚身體細小，長而側扁，腹部比較圓，沒有腹稜，吻比較短而且圓鈍，嘴巴比較小，並且有點裂開下斜，下頜突出，前端無瘤狀突，上頜無缺刻，沒有須，眼睛比較大，在側上位，身體被圓鱗，沒有側線，背鰭比較短，胸鰭末端稍鈍，向後遠不及腹鰭起點，腹鰭短而小，末端可達肛門，尾鰭叉形，末端稍微比較尖。

3、分佈區域不同

紅衫魚主要分佈在印度洋、西太平洋的熱帶和亞熱帶地區；而金絲魚主要分佈在廣東珠江三角洲地區，為中國特有種，是國家二級重點保護野生動物。