總體來說超臨界流體萃取有諸多優點：可以在接近室溫(35-40尤）及C02氣體籠罩下進行提取，有效地防止了熱敏性物質的氧化和逸散。因此，在萃取物中保持著藥用植物的全部成分，而且能把高沸點，低揮發度、易熱解的物質在其沸點溫度以下萃取出來。超臨界流體萃取是最乾淨的提取方法，由於全過程不用有機溶劑，因此萃取物絕無殘留溶媒，同時也防止了提取過程對人體的毒害和對環境的汙染，是100%的純天然。

超臨界流體萃取是萃取和分離合二為一，當飽含溶解物的C02-SCF流經分離器時，由於壓力下降使得C02與萃取物迅速成為兩相（氣液分離）而立即分開，不僅萃取效率高而且能耗較少，節約成本。C02是一種不活潑的氣體，萃取過程不發生化學反應，且屬於不燃性氣體，無味、無臭、無毒，故安全性好。

C02價格便宜，純度高，容易取得，且在生產過程中迴圈使用，從而降低成本。壓力和溫度都可以成為調節萃取過程的引數。透過改變溫度或壓力達到萃取目的。壓力固定，改變溫度可將物質分離；反之溫度固定，降低壓力使萃取物分離，因此工藝簡單易掌握，而且萃取速度快。