先說結論:日本人的祖先是繩文人與彌生人混居後的後代。

先說繩文人，原來的日本本土原住民，一說來自東南太平洋島嶼。身高矮，膚色黑，高眉深目厚嘴唇塌鼻子。處於石器時代，沒有進入農業文明。

後來經過上千年的融合，形成了現在的大和民族。

另外，在日本的北方原本居住著阿伊努人，被日本人打到蝸居在北海道，現在被當做和族強制同化，基本不存在純阿伊努人，統一歸為和族。

日本南方沖繩群島居住的是原住民琉球人。琉球人為太平洋島民，直到清朝還同時給清庭和日本幕府進貢，名義上是清附屬國，後來被日本侵略佔領被清庭拋棄。太平洋戰爭期間，琉球人還被日本人用來當炮灰對抗美華人。沖繩至今留有美國村，即戰爭期間美華人遺留產物。目前沖繩建有許多美軍基地，美華人在當地為所欲為引起很多衝繩人民憤。但沖繩人在日本本土處處受到歧視。在外被當日本人，在日本本土被當外族人的處境。

有人認為阿伊努人是繩文人後人。阿伊努人和琉球人基因接近。

彌生人是大陸渡來人，基因和大陸接近。