縱切骨骼時周圍有骨膜，內部有海綿體和髓腔，髓腔裡就是骨髓。身體的免疫器官中最重要的就是骨骼裡存在的骨髓。在髓腔和海綿體中間，能夠生成對形成抗體有重要作用的淋巴細胞以及紅細胞的前體——造血幹細胞。可以這樣說，如果沒有骨髓，免疫就不可能發生。

或者說，骨髓可以稱之為淋巴細胞的製造工廠，是重要的免疫器官。骨髓在所有的骨骼中都存在。因為骨髓存在於所有骨骼中，所以有時人們竟意外地看不到這點——骨骼不單純是身體的支架，它還具有生產淋巴細胞和紅細胞的重要功能。

骨髓的造血幹細胞經過不同的分化途徑成為淋巴細胞系統的幹細胞和造血系統的多能幹細胞，尤其是與免疫系統有關的白細胞系統的幹細胞。白細胞系統的細胞有淋巴細胞以及巨噬細胞、中性粒細胞、嗜酸粒細胞和嗜鹼粒細胞。淋巴細胞系統的幹細胞移動到胸腺時，在胸腺中變成T細胞，然後再分化成輔助T細胞（在免疫應答中能促進前體細胞分化的T細胞）、抑制T細胞（這是在免疫應答時有抑制功能的T細胞）和殺傷T細胞。還有一些不透過胸腺流入機體各處的淋巴細胞，稱為B細胞。

例如，人或鼠中所有的骨中都充滿稱為造血幹細胞的紅細胞和生成淋巴細胞的細胞。這些細胞透過淋巴管等流入機體各處，在所到各處參與免疫活動。