1、病原微生物的狀態不同　　滅活疫苗，主要的病原微生物以及相關代謝機制原理都是幫助體內病毒的滅活，防止體內病毒的擴散，具有一定的滅活能力，具有喪失毒力，但仍保留其免疫原性而製成的疫苗。　　減毒活疫苗，是將病原微生物在人工條件下進行的，可以幫助體內病毒抑制，完全殺死體內的病毒，還是具有一定的繁衍能力和免疫擴散性，對於免疫的持續性比較好，這就是減毒疫苗的特性。

2、在人體的作用時間不同　　滅活疫苗一般注射一針後產生免疫力不高，一針的效果也是不好，需要花費金錢繼續進行注射，只有在注射幾針之後，才會產生比較強大的免疫力，對於身體病毒才會有一定的抵禦性，這才是令人比較滿意的免疫效果。 減毒疫苗具有很強的免疫效果，在體內的作用時間非常長，一般只需要注射一次就可以，也可以取得非常不錯的效果，也具有比較穩固的免疫力，效果和安全性都非常的不錯，不良反應也比較輕微。

3、安全性不同　　滅活疫苗比較的安全，儲存也比較好，沒有任何的汙染，也沒有危險的產生。

減毒疫苗具有殘毒力的儲存，對一些個體（如免疫缺陷者）可能誘發嚴重疾病。