出現豆類紅根的原因有很多，主要有以下幾點。

1.漚根。多為澆水過多而出現土壤溼度過大，土壤中的透水透氣性較差，不利於根系的正常生長，根系生長不良，從而出現根系不發達的情況，俗稱“漚根”，嚴重時導致整個根系脫皮或毛細根減少。

2.燒根。主要分為肥類和藥劑引起的燒根。由於衝施肥料時因施肥過多或不合理，導致根系生長不良而出現燒根，少量情況下與底肥中的有機肥沒有完全腐熟有關。另外，由於在定植時穴施防治紅根的殺菌劑或防治線蟲的藥劑過多或未撒均勻的情況下也會因藥劑量過重而導致植株出現燒根。

3.種植過密。由於芸豆種植較密，有的一穴甚至種植5-7粒種子，植株之間出現營養競爭引起的，一般的芸豆植株都是先出現傷口後感染病菌而出現紅根的情況較多。

4.地溫過低。在地溫過低的情況下，不能保證根系生長所需要的合適的地溫，從而導致根系生長差，不易生出毛細根，也易出現根部發紅的情況。

5.根腐病。豆類根系在溼度過大的情況下易被根腐病菌侵染，從而出現根部病害導致紅根。

6.炭疽病。豆類根系因感染炭疽病病菌而出現紅根，一般在地表面以上的莖稈上伴隨出現紅色的凹陷斑，葉片背面葉脈有紅色線狀斑等。