通常所講靈芝實指靈芝的子實體。子實體主要功能是產生孢子，繁殖後代。成熟的子實體由菌蓋、菌柄組成，是一個傘形的菇狀物，菌蓋的上表面呈紅褐、紅紫、暗紫以至黑色，具有漆狀光澤，並具有云狀環紋和輻射狀皺紋。菌蓋呈半圓形或腎形，菌蓋的下表面呈淡黃色，有許多細孔。其質地幼時肉質，成熟變幹後為木栓質，很輕。從結構上講，子實體分菌柄和菌傘兩部分，靈芝的菌傘在菌柄頂端一側發育，菌柄位於菌傘的一側。這是一種很別緻的形狀，據《本草綱目》記載，“芝”字就是根據靈芝的形狀而產生的，因為菌傘位於菌柄一側，菌柄又經常彎曲，從側面看會很像“之”字，為了與原有的“之”字相區別，在“之”字上部加草成為“芝”。

靈芝菌柄呈不規則的圓柱形，側生或偏生，有時還具有分枝，整個菌柄都呈紫紅色，但以向光的一側較深，菌柄也具有漆狀光澤。人工栽培時，菌柄越接近營養基物處越淺。菌柄的粗細與長短隨環境條件而變化，營養不足，菌柄可發育得很細，反之，在營養充足的基物上生長的子實體菌柄很粗。在通氣良好的條件下，菌柄發育得很短，在氧氣不足、二氧化碳濃度較大的條件下，菌柄發育細長。