世界聞名的沃森頓公司終於研製出了治療“變種基因”的藥物，變種人終於第一次有了自主選擇命運的權利：或是放棄超能力，成為真正的人類；或是拒絕接受“治療”，保持獨特的變種能力，繼續隔絕成為異類。然而，選擇與否已經不再自由，在軍方科學家的離間之下，人類對變種人的害怕與憎恨超乎想象，“和平至上”的X教授和身懷絕技的X特警們也在喪失能力的威脅下無法抉擇。

而一心企圖令變種人稱霸世界的萬磁王，則覺得這退無可退的境地是最好的機會，擺脫囚禁後變得格外強大、狡猾的他，吸收了龐大的新鮮力量，召整合威力無比的變種軍隊，準備毀滅沃森頓公司，進而讓人類稱臣。史無前例的人種之戰一觸即發！

X戰警們不可避免地陷入了這場矛盾對抗，然而，他們將面對的卻不僅僅是害怕和憎恨他們的人類、自己內心的掙扎和萬磁王的誘惑，還有死而復生的琴格雷--他們具有心電感應、隔空取物和瞬間移動等非攻擊型能力的X戰警同伴。死裡逃生之後性格開始狂亂分裂的“黑鳳凰”，徹底成為了黑暗皇后，被萬磁王招自麾下的她，將會毀滅所有阻擋她去路的事物。面對人類、變種人甚至是世界的毀滅，X戰警們無路可退……