兩者的差別主要體現在兩個方面：

1、構成不同。

骨膠原蛋白是膠原蛋白的一種，骨膠原和彈性纖維由真皮裡的纖維細胞（Fibroblasts）製造，膠原蛋白（也稱膠原）是細胞外基質的一種結構蛋白質，多糖蛋白，呈白色，含有少量的半乳糖和葡萄糖，是細胞外基質（ECM）的主要成分。

2、提取途徑

骨膠原蛋白跟膠原蛋白的提取途徑是存在非常大差別的，前者是從一些動物的骨骼或者是動物皮當中提取而來的，它是膠原蛋白當中的一種，而後者的提取途徑除了這一種以外，還可以從魚類甚至是魚鱗身上提取而來，所以後者的提取途徑相對廣泛很多。

3、用途差異

骨膠原蛋白的用途相比較而言要狹窄很多，它的主要作用是在於促進鈣質吸收和幫助修復人體的軟骨組織，在幫助改善骨質疏鬆問題方面效果也不錯，除此以外，它還能夠讓骨骼的柔韌性變得更強一些，讓人體的協調性也因此變強。

而膠原蛋白除了上述的用途以外，它還有不錯的滲透肌膚和修復肌膚效果，在臨床上也被用於改善肌膚存在的問題和延緩衰老，所以，很多人在實際選擇的時候會比較樂意選擇膠原蛋白來滿足自己身體的需求。