經過輻照的食品除了細菌被殺掉，食品本身的營養，如：維生素A，維生素B2，B3，B6，B12，和維生素c，維生素E，都會有所流失，而蛋白質，非飽和脂肪，益生菌，和酵素也會被破壞

雖然已有科學證據表明，輻照殺菌過的食品不具有放射性危險，但近年一些民間環保組織不斷組織反輻照抗議活動，呼籲人們不要食用輻照殺菌食品。美國食品跟蹤調查組織“食品和飲用水觀察”成員韋諾娜·豪特是《輻照殺菌與食物之死》的作者。她認為，輻照殺菌食品可能誘發癌症、未成年死亡和體重過輕。她在書中引用了一些動物實驗結果顯示，長期食用輻照食品會造成體重減輕。

“這項技術本身是為商家減少成本、增加盈利而設計，它實際上並不能把髒食物變乾淨，”豪特說，“每當我們聽說大規模食物中毒事件時，總有人提倡輻照殺菌，但它對肉製品清潔確實沒什麼好處，對生菜、西紅柿等蔬菜更是完全不起作用。”反對者列舉的輻照殺菌食物另一大罪狀是：輻照會破壞食物品質。“你不可能對水果或蔬菜做真正的輻照處理，以達到殺菌目的，除非你想把食物變成一堆漿糊。”豪特說。