實際上，我們目前沒有確定細菌死亡的標準方法。一般而言，環境領域只關心目標菌的功能學指標，確立這些指徵的一個重要原因就在於它的可得性。

在微生物群落裡，分離、鑑定、計數都是比較麻煩的，而且誤差很大，所以環境領域要選擇易於測量的指標。例如，對於發光菌來說，就是前面所說的發光強度。也就是說，不管接觸該化合物後水溶液中的這十萬億個發光菌是死是活，我們只關心它們發出的光減弱了多少，因為這是更簡單易測量的指標。而一隻菌是不是發光，發多少光，是很難測量到的，即便有了好的測定方法，不發光的菌也未必就是死的，它仍舊有可能在接種到培養基上後進行分裂。

如何判定一隻菌的死活我不瞭解，但對於一株菌的死活我們通常是看它能否在培養基上分裂繁殖，可是這個測定起來很麻煩，也不能針對到個體的指標對讀理學實驗來說是無法使用的，所以在讀理學裡對於一群細菌，要測定它們的所謂活性，最常用的指標是ATP酶的酶活。隨著分子生物學技術的提升，最終是有可能用更直觀的指標來衡量細菌的生死的

目前我們沒有統一的方法確定一個細菌的死活。