1）水體中固有的微生物： 如熒光桿菌、產紅色和產紫色的靈桿菌、不產色的好氧芽孢桿菌、產色和不產色的球菌、絲狀硫細菌、球衣菌及鐵細菌等，它們都是水體的土著微生物。

2）來自土壤的微生物： 雨水對地表的沖刷，會將土壤中的微生物帶入水體。如枯草芽孢桿菌、巨大芽孢桿菌、氨化細菌、硝化細菌、硫化還原菌、蕈狀芽孢桿菌、黴菌等。

3）來自生產和生活的微生物： 各種工業廢水、生活汙水和牲畜的排洩物夾帶各種微生物進入水體。這些微生物有大腸桿菌、腸球菌、產氣莢膜桿菌、各種腐生性細菌、厭氧梭狀芽孢桿菌等，也包括一些病原微生物，如霍亂弧菌、傷寒桿菌、痢疾桿菌、立克次體、病毒、赤痢阿米巴等。

4）來自空氣的微生物 ： 雨雪降落時，會把空氣中的微生物帶入水體。初雨塵埃多，微生物含量也多，而初雨之後的降水微生物較少。雪花的表面積大，與塵埃接觸面大，故其微生物含量要比雨水多。另外，空氣中塵埃的沉降，也會直接把空氣中的微生物帶入水體。