上牌時車輛合格證是會被車管所給收走。車輛合格證是證明車輛合格的憑證，上牌是給合格車輛上，車管所辦理上牌時合格證是重要證據之一，車上了牌合格證留存車管所作為檔案封存。然後會給你發一個車輛行駛證和合格檢驗標，以後審車的時候拿著行駛證即可。車管所將不在為這幾種車輛上牌：

1.國五以下排放標準：如今中國實行的是國家第五階段機動車汙染物排放標準，在不久的幾年內也將實行國六標準。而對於國三國四排放標準的車型，車管所不予辦理上牌手續，車主們也一定不要購買。

2.沒有合格證：汽車合格證是汽車的一個重要憑證，也是汽車上戶時必備的證件，只有具備合格證的汽車才符合國家對機動車裝備質量及有關標準的要求，沒有汽車合格證的汽車無法辦理上牌手續。

3.識別程式碼與引擎蓋識別程式碼不同：簡單來說，汽車的識別程式碼相當於汽車的身份證號，由17位字元組成，根據國家的車輛管理標準確定，包含的車輛的所有資訊。引擎蓋識別程式碼和汽車識別程式碼是一致的，在不一致的情況下是無法辦理牌照手續的，車主們一定要注意。