蝙蝠剋星是蛇類、蜥蜴、猛禽、貓科動物等。

穴居蝙蝠的主要天敵主要有蛇類，蜥蜴等；樹棲型（一些果蝠）的天敵還有一些猛禽和貓科動物。蝙蝠還有的天敵就是人類，如關島大蝙蝠就是因為當地人的捕食而滅絕的。

蝙蝠是翼手目動物，翼手目是動物中僅次於齧齒目動物的第二大類群，是一類演化出真正有飛翔能力的哺乳動物，現生物種類共有19科185屬961種，除極地和大洋中的一些島嶼外，分佈遍於全世界，在熱帶和亞熱帶蝙蝠最多。大部分蝙蝠都是白天休息，夜間覓食。

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過去，分類學家依據體型將翼手目可以分為兩個亞目：大翼手亞目和小翼手亞目，又被稱為食果蝠和食蟲蝠。正如它們的名字，前者體形較大，多以水果為食，如著名的狐蝠，翼展可達90釐米之巨；後者體形遠較前者為小，除了食蟲外，還有食肉和血，不過也有與大蝙蝠亞目食性相同的成員。

後來的基因分子研究顯示，這樣的分類無法反映蝙蝠之間的真正親緣關係，於是依分子研究結果，重新將翼手目整理成兩個亞目：陰翼手亞目及陽翼手亞目。

蝙蝠科是小蝙蝠亞目下的一科，約有300多種。