于謙悲劇收場的真實原因，概括起來主要是三點：首先是他身處於複雜的政治環境，其次代宗倚重程度過高，最後的直接原因在於明英宗復位、明代宗被廢。

于謙身處在比較複雜的政治生態環境。先有明英宗寵信太監王振，王振指使通政使李錫彈劾于謙並將其關進大牢判處死刑，後因群民共憤、聯名上書而被釋放，降職，囚禁，起用。待到王振慫恿明英宗親征被俘，于謙力主抗戰，成功保衛京師。

王振奸黨在於謙與廷臣的共同努力下被剷除，于謙請立郕王為帝，代宗上位英宗成為太上皇，降低了也先挾持扣留皇帝的威脅。然而這些都為後來英宗復位後殺于謙，提供了理由。

木秀於林， 風必摧之。明代宗的倚重程度過高，引發了其餘朝臣對於謙的攻擊。于謙為官清廉，自古清官難當，守住清貧不難，要對抗整個大環境是難點。有汙點的官員是多數的，這才是大的趨勢，于謙是很難在官場上有立錐之地的，除非有一個強有力的保護傘。明代宗就是于謙的保護傘，代宗迎回英宗後，希望鞏固繼續鞏固自己的地位，將英宗囚禁，廢掉英宗的兒子朱見深的皇太子之位，立自己的兒子朱見濟。不想第二年，朱見濟夭折，代宗倍受打擊突得重病，直接爆發了奪門之變。

明英宗復辟當日即逮捕了兵部尚書于謙等當初擁立代宗的大臣，並以謀逆之名處死。