第一階段是專業提升，到多家生物研究院做博士後研究，研究方向為分子遺傳學；第二階段是從事寫作和網站建設，揭發中國科學界和教育界的學術腐敗現象，批判新聞界的不真實報道，以及批判基督教、偽科學、偽氣功、偽環保，批評中醫等，並獲得一定名氣。 第三階段是由於在評判時的雙重標準、話語霸權以及無端構陷，加上報復心強烈，方舟子本人和他的言論在社會上引起極大爭議，並被懷疑部分行為有商業目的。

馬雲長得也挺費勁、范冰冰倒是好看；

一個社會是每個個體組成、社會病了、個體都是原罪！

當專家變成賺錢家、醫生不以救人為榮、

教師不以育人為本、當科學家也為神棍！

以外貌判斷善惡、以權錢劃分靈魂；

這樣的社會會越接近地獄而不是天堂！

作為公眾人物、我不關心他的長相、關乎他的言行！謹言慎行，有理有據，不是披著“神棍”的外套忽悠世人！

我沒資格評價他人、因為我還沒那個學識！

人的長相併不是與生俱來就招人討厭的，關鍵是做人做事。馬雲為什麼讓人敬佩，愛國，配合國家一帶一路的中國夢。鳳姐，方舟子，人長得醜點無所謂，辦得事讓華人唾罵，人醜心靈你在邪惡，那就不是醜與美的事了，那是人與畜生的區分了。