有些細菌和病毒能引起疾病，就是我們常說的病原。細菌和病毒肉眼都看不見，而它們引起的疾病從症狀上也沒有截然的不同，所以人們經常分不清細菌和病毒。不過如果藉助顯微鏡，那就不同了。大部分的細菌能用光學顯微鏡看見，而病毒通常看不見。

細菌一般比病毒大得多。細菌是有細胞結構的獨立的生命體，而病毒並沒有細胞結構，它們是介於生命與非生命之間的一種存在。病毒不能獨立生活，必須寄生於細胞中才能複製。細菌也是一類細胞，所以也有寄生於細菌的病毒。這些病毒通常稱為噬菌體。

大部分的細菌和病毒都對人類無害，也有些對人類有益，不過也確實有很多細菌與病毒能引起疾病。過去很多瘟疫是細菌引起的，比如鼠疫、霍亂、傷寒、等等，它們曾經殺人無數，但後來人們發現了抗生素，現在大多數細菌引起的疾病已經不那麼可怕了。可是對於病毒，人們一直沒有找到好辦法殺死它們，因為人類的致病病毒寄生於人類細胞中，用人類細胞的酶系複製，所以非常難殺。這就是我們對常見的感冒都沒有好辦法的原因。對於病毒，如果有理想的疫苗，比如天花、脊髓灰質炎，就可以一勞永逸的預防，對於沒有理想疫苗的病毒，人們還是缺乏有效的辦法。