對於軍艦來說，彈藥庫是最為要害的艙室，儲存大量彈藥，一旦爆炸，整艦不保，因此在軍艦設計中歷來都將彈藥庫佈置在不易受到損害的艦體深處，四周還要佈置諸如裝甲，防護隔艙等防禦措施，所以彈藥庫是一個非常封閉的空間，而且彈藥儲存對於溫度、溼度是有要求的，尤其在大型戰艦上，大口徑主炮採用分裝式彈藥，彈丸和發射藥包是分離的，發射藥的化學性質在不同的溫度和溼度條件下會有所變化，從而對炮彈的彈道效能產生影響，通俗點說，彈藥庫的內部環境將影響到火炮的準確度，因此現代軍艦的彈藥庫內都要安裝溫度、溼度調節裝置，使彈藥庫保持最佳的儲存條件。至於向彈藥庫注水通常是彈藥庫內起火時的應急措施，是為了避免彈藥殉爆，這個應該很容易理解。

美國海軍衣阿華級戰列艦406毫米艦炮炮塔及彈藥庫剖面圖。

關於題主提到了金剛艦有彈藥庫水兵患熱射病死亡的事情，發生在1942年11月13日夜間日本海軍“金剛”、“榛名”號戰列艦炮擊瓜島機場期間，當時“榛名”號的2名水兵因為在彈藥庫的高溫環境下長時間進行高強度作業而患熱射病死亡，是此次行動中日軍僅有的人員損失。從上面的分析可以瞭解，彈藥庫是十分封閉的，軍艦又在熱帶海域作戰，因此其內部肯定是十分悶熱的，加上繁重的工作帶來的體力消耗，患病並不意外。