區別在於定義和用處不一樣。

定義：

國藥準字：是經過國家食品藥品監督管理局批准的，頒發給生產企業的允許該企業生產該品種的批准文號，它是個性化的，每個生產企業每個生產品種都有自己獨有的批准文號。根據國家藥監局規定，自2003年6月30日後生產的藥品實施新的批准文號，格式是：國藥準字+1位拼音字母+8位數字，字母用拼音字頭表示藥品類別，數字表示批准藥品生產的部門、年份及順序號。

健字號：是06年以前國家藥監局批准的達不到藥品標準但具有一定保健作用的食品，現在健字號已經取消批准了，現在市場上已經停止流通了，也就是說現在市場上如果有健字號的，全部都是違法的假冒產品。

作用：

對於藥品，現在國家規定統一使用的批准文號是“國藥準字”號，即平常所說的“藥字號”。根據國家藥監局規定。

保健品的批准文號則是“衛食健字”或“國食健字（）第××號”。其中2003年以前透過審批的批號是“衛食健字”，2003年以後透過審批的批號是“國食健字”。