如果是從專業學科角度是有區別的，現在的學科分類中，中醫類有中醫學、中西醫結合和中藥學三個一級學科。如果是中醫學中醫學專業的中西醫結合方向就屬於中醫學專業，而中西醫結合臨床是屬於中西醫結合專業，如果是中醫學專業的畢業生，畢業就發中醫學的畢業證，將來考執業醫師證時就考中醫類，註冊在中醫科；如果是中西醫結合專業，畢業發中西醫結合專業的畢業證，將來考執業醫師證時就只能報考中西醫結合類，並註冊在中西醫結合科。所以在學科角度要分清楚。

但是，現在在招生專業中對這種學科的分類劃分還不是很清晰，兩者所學的東西，所需要上的課程其實是一樣的。關鍵是看將來發哪個專業的畢業證。比如我們的上一屆就是中醫學專業中西醫結合方向，我們這屆就是中西醫臨床專業，但是我們兩屆畢業的時候都是發的中西醫結合的證書，所以這樣就沒有區別，但是如果發中醫學和中西醫臨床兩種證書，那就會影響你將來考什麼執業醫師、註冊在什麼科室，就有區別了，這個一般是學校自己決定的，所以要向學校問清楚。

考什麼證書關鍵是看你畢業證上是什麼專業，如果是中西醫結合臨床專業就只能考中西醫結合類的執業醫師。