蒼蠅的天敵有三類：

一是捕食性天敵，包括青蛙、蜻蜓、蜘蛛、螳螂、螞蟻、蜥蜴、壁虎、食蟲虻和鳥類等。雞糞是家蠅和廄蠅的孳生物，但其中常存在生性兇殘的巨螯蟎和蠼螋，會捕食糞類中的蠅卵和蠅蛆。

二是寄生天敵，如姬蜂、小蜂等寄生蜂類，它們往往將卵產在蠅蛆或蛹體內，孵出幼蟲後便取食蠅蛆和蠅蛹

青蛙，壁虎，蜘蛛，螳螂等動物吃蒼蠅。蒼蠅的天敵有三類：

一是捕食性天敵，包括青蛙、蜻蜓、蜘蛛、螳螂、螞蟻、蜥蜴、壁虎、食蟲虻和鳥類等。雞糞是家蠅和廄蠅的孳生物，但其中常存在生性兇殘的巨螯蟎和蠼螋，會捕食糞類中的蠅卵和蠅蛆。

二是寄生天敵，如姬蜂、小蜂等寄生蜂類，它們往往將卵產在蠅蛆或蛹體內，孵出幼蟲後便取食蠅蛆和蠅蛹。有人發現，在春季挖出的麻蠅蛹體中，60.4%被寄生蜂侵害而夭亡。三是微生物天敵。日本學者發現森田芽孢桿菌可以抑制蒼蠅孳生，中國學者也發現“蠅單枝蟲黴菌”孢子如落到蒼蠅身上，會使蒼蠅感染單枝蟲黴博凡此種種，都值得蠅蛆養殖者注意。