一般來說豆粕，雞糞，豬糞這類原料製作出來的有機肥蛋白質會比較高一些。至於為什麼呢？我們簡單來說一下，豆粕自不必說蛋白質高製作出來的有機肥蛋白質必然高，豬雞是吃糧食生長的，其排洩物得但材質含量也會相對較高。那麼秸稈以及牛羊這類食草動物的糞便，植物纖維較多，蛋白質減少。

製作有機肥的原料魚龍混雜，良莠不一，有動物糞便、垃圾處理、工業下腳料等等，稍好一點的油渣、木薯渣、蘑菇棒等等，合理新增腐植酸製作而成。最好選用農業廢棄物做原料製作的有機肥，不會出現類似抗生素超標、重金屬超標等等問題。而要想蛋白質、氨基酸含量高，我感覺首選大豆，並且是不經過提油、榨油的大豆。大豆本身含蛋白質38%左右，含氨基酸20多種，把大豆粉碎成粉末狀發酵，製作的有機肥蛋白質和氨基酸含量比較高，而工藝比較先進的廠家合理新增一些營養成分，能製作出超高含量的有機肥：

用大豆製作有機肥就是原料成本高一些，其次可以選用豆粕，豆粕就是大豆提取豆油後剩下的東西， 通常做成飼料，提取豆油後蛋白質和氨基酸含量會降低，但是也比其他的原料要好。