京九高鐵由京雄高鐵(北京-雄安新區)、雄商高鐵(雄安新區-商丘)、商杭高鐵(商丘-阜陽)、阜岡九高鐵(阜陽-黃岡-九江)、昌九高鐵(九江-南昌)、昌吉贛高鐵(南昌-贛州)、贛深高鐵(贛州-深圳)以及廣深港高鐵(廣州-香港)等新建線路和既有線路接駁而成，途經北京、廊坊、衡水、清河、聊城、濮陽、菏澤、濟寧（梁山）、商丘、亳州、阜陽、潢川、麻城、黃岡、武穴、九江、南昌、吉安、贛州、河源、惠州、東莞、深圳、香港等地。但是全線未通車，在建。

京九客運專線由京衡客運專線、臨菏客運專線、商合杭客運專線（商丘至阜陽段）、或阜岡九鐵路客運專線（初期利用：合安九客運專線）、昌九客運專線、昌吉贛客運專線、贛深客運專線以及廣深港客運專線接駁而成，途經站點北京、永清、霸州、任丘、河間、衡水、聊城 、菏澤 、商丘、阜陽、六安，安慶，池州，九江、南昌、吉安、贛州、龍川、河源、惠州、東莞、深圳以及香港九龍。

京九高鐵商丘以南段將先期建成通車，隨著商合杭高鐵、京霸鐵路環評陸續陸續進入公示，根據2015年10月7日鐵三院公佈的環評資料整個京九高鐵走向基本確定，整個京九高鐵將採用時速350公里的設計。