性染色體上的基因所控制的性狀遺傳不全都和性別有關。x染色體與y染色體有一段同源區域,這段同源區域中基因所控制性狀的原理與常染色體上基因所控制性狀的原理相同，比如Y染色體上的外耳道多毛症。性染色體分X和Y兩種，男性的染色體包括X染色體和Y染色體，而女性染色體只有兩個X染色體，當精子和卵子結合時，可能是男性提供出一條X還有女性卵細胞的一條X染色體，這時生出的女孩同時擁有父母雙方的基因；生男孩是男性的Y染色體和女性的X染色體結合，這時男孩擁有的也是父母雙方的基因。

人類體細胞具有46條染色體，其中44條（22對）為常染色體，另兩條在性發育中起決定性作用，稱為性染色體（sex chromosome）。目前已知人類有X和Y兩種性染色體。女性的兩條性染色體，大小與形態也完全相同，稱X染色體。男性的一條與X相同，另一條則小得多，稱Y染色體。Y染色體最重要的意義是決定男性性別，除此以外沒有其他更重要的作用。X染色體上有許多重要的基因，女性有兩條X染色體，而男性雖只有一條，但女性的性染色體基因產物並不比男性多一倍。這種男女X連鎖基因產物相等的現象，稱之為劑量補償。