野生資源的匱乏枯竭導致藥材向人工培植過渡，隨之帶來一個嚴重的問題：藥材的汙染。用汙染的藥材生產中藥配方顆粒必然導致中藥配方顆粒的汙染。汙染最常見的有兩類：農藥殘留與重金屬超標。

農殘檢測包括：六六

六、DDT、5-氯硝基苯、雙硫磷、甲胺磷等。

重金屬檢測採用鉛鹽比色法，主要檢測鉛、鎘、銅、銻等能與硫代硫醯胺與硫化鈉顏色反應的，產生金屬成分。按照國際慣例，重金屬中砷等對人體有嚴重危害的化學物質，另列單項進行檢測。

選擇無汙染區域種植；藥材不用硫磺燻蒸；投料前用清水沖洗；加強有害物質檢測，超標者退換貨；制定相應的清除方法處理等都是控制農殘與重金屬含量的重要手段。

藥典規定檢測農殘的品種只有黃芪與甘草兩個品種，天江藥業已做到廣泛檢測中藥配方顆粒中農殘，以滿足歐美等國際市場（歐美將中藥配方顆粒作為植物保健茶、食品類入關，因此農殘是常規檢測）與國內市場，以保證用藥的安全性。

在多品種、多批次的出口檢測中，天江藥業生產的中藥配方顆粒均符合不同國家或地區的標準，使中藥配方顆粒真正成為綠色食品與藥物。