積善堂，是由著名前列腺疾病診療專家、原蘭州軍區烏魯木齊總醫院副團級軍醫、中醫治療前列腺疾病特效技術ISA（滲透-軟化-啟用）療法主要研發人之一人孔令新醫生募資籌辦的。

1994年，由蘭州軍區烏魯木齊總醫院研究透過、蘭州軍區副團級軍醫積善堂創始人孔令新醫生牽頭的中醫治療前列腺疾病專案正式啟動。

1997年，該專案得到了中國中醫研究院的支援，並有倖進入中醫研究院廣安門醫院進修，同年該專案得到了中國男科泰斗劉猷芳教授的指導。

2001年，蘭州軍區烏魯木齊總醫院的專項科研經費到位，研究專案正式進入臨床階段。

2003年，專案相關學術報告入選國家級醫療刊物。

2004年年初，專案資金短缺，為了保住專案，孔令新醫生向軍區醫院提出申請要求攜帶專案退出現役。

同年12月，申請獲得批准，孔令新攜帶專案退出現役，開始在民間募資創辦專案的後續研究機構。

時隔不久，專案的後續研究機構在新疆自治區吉木薩爾縣成立，並正式取名為“積善堂”。