這件事其實有很大的誤解。

首先，奈良興福寺的多聞院英俊在延歷寺燒討前曾經去過延歷寺拜訪，回去之後就說現在延歷寺的僧人們吃不了苦，整天喝酒賭博玩女人，根本就沒有在鑽研佛法。而且，因為比叡山上比較潮溼，延歷寺還將山上的很多住宅啊佛堂啊都廢棄了，搬到了山下的坂本町去了，坂本町是街市，酒家妓院商鋪什麼都有，非常繁榮。也就是說，織田軍燒討的其實不是比叡山，而是坂本町。

最後，織田信長本身就是信佛的，雖然他對天主教傳教士比較好，但是並不信奉天主教。信長一生雖然與本願寺、延歷寺等寺院敵對，但是不能忽視織田家麾下也有很多寺社勢力。

織田家與延歷寺的敵對的因素很多，有政治方面的——當時幕府將軍足利家分裂，足利義昭只能算其中的一支，所以延歷寺可以支援另外一支足利家。也有經濟方面的，延歷寺把持著許多商品的製造與銷售，這種商業壟斷與樂市樂座政策背道而馳，所以織田家觸及到了延歷寺的利益，才讓延歷寺與織田家發生衝突。

至於流放佐久間信盛，這時佐久間信盛作為織田家筆頭家老，坐擁十餘國軍事力量，織田信長是不可能會讓家臣勢力過大的，所以需要對家臣團進行再編。佐久間家後來照樣迴歸了織田家，只是地位變低了而已，而織田家流放了佐久間信盛後，主家實力更加強大了。

佛教在日本勢力太大了，向本願寺那樣的寺院勢力簡直就是獨立軍事機構，有大名一樣的力量，讓信長忌憚。

信長要做天下人，以統一日本為目標，必須掃清放在前面的路，火燒僧院是為了給天下人一個警示，警告他們不得忤逆自己，如果做信長的攔路石，就算是自己的妹夫（淺井）自己的小舅子（齋藤）也要殺，何況是一幫僧人？

況且就算他統一了國家，也不會允許宗教勢力在國內擁有武裝力量。