在使用紫藥水之前傷口應該作消毒處理,可以用淡鹽水清洗後再塗擦.

另外使用紫藥水時，應注意下列幾點：

1、紫藥水不宜用來塗擦化膿性傷口，一則形成的保護膜會使傷口膿液流不出來，從而向深部擴散，加重感染；二則膿液、蛋白質等可降低其效力。

2、紫藥水雖多外用，但它也是一種可以內服的藥物[這一直引起醫學界的爭議]，所以在塗擦嘴唇和口腔潰瘍時，不要擔心紫藥水會被吞下而中毒，嚥下少量的紫藥水對健康無妨礙。

3、在眼睛附近塗用紫藥水時，必須十分小心，勿使紫藥水流入眼睛，因為紫藥水會損傷眼角膜，引起眼角膜壞死和潰瘍，一旦不小心使紫藥水流入眼內時，要馬上用自來水沖洗眼睛；嚴重者應到醫院去處理。

4、因為紫藥水與紅錄(紅藥水)或碘酊(碘酒)一起使用時容易發生化學變化，會使其療效明顯降低或完全失效，所以它們之間不能混用，即塗擦過碘阿或紅藥水的創面不應再塗抹紫藥水、紫藥水不能放在日光直接照射的地方，不用時應注意把藥瓶蓋擰緊，以免引起藥物變質。